Il Dipartimento comprende attualmente membri di 8 ex Dipartimenti/Istituti più piccoli ospitati in 9 edifici separati sul lato nord della città (vedi mappa sopra):
Ematologia (HAE), Biochimica Clinica (CBI) e parte dell'Unità di Cardiologia (CAR) sono ospitate nei locali appartenenti alla Fondazione IRCCS Policlinico San Matteo, Viale Camillo Golgi, 19.
La restante parte della Cardiologia è ospitata in edifici appartenenti alla Fondazione IRCCS Salvatore Maugeri, un ospedale privato sito in Via Salvatore Maugeri, 4.
Biochimica (BIO), Fisiologia (PHY), Genetica Umana (HGE) e Anatomia Patologica (PAT) sono ospitate in edifici universitari dedicati costruiti negli anni '50 in Via Tarquato Taramelli, 3B (Biochimica) o in via Forlanini, 6 (Fisiologia Umana, Genetica Medica e Patologia).
Immunologia e Patologia Generale (IGP) è ospitata in un nuovo edificio didattico e di ricerca denominato Istituto Golgi Spallanzani (Botta 2), aperto nel 2009/2010 e sito in Via Adolfo Ferrata, 9.